De weerstand van de bodem tegen ziekten en plagen zorgt ervoor dat een gewas niet direct ziek worden zodra er een ziekteverwekker in de bodem opduikt. Bodemweerbaarheid ontstaat door de biologische activiteit in de bodem, maar ook de chemische en fysische gesteldheid van de bodem spelen een rol.

Dankzij concurrentie ontstaat biologische weerstand van de bodem. Het ‘gunstige’ bodemleven concurreert met ziekteverwekkers om voedingsstoffen en om ruimte. De bacteriën en schimmels vlakbij de plantenwortel, verteren de stoffen die de wortel uitscheidt (wortelexudaten). Doordat die wortelexudaten snel worden omgezet, krijgen ziekteverwekkende schimmels geen kans om te kiemen. Ook de fysieke ruimte op en rondom de wortels is belangrijk. Als het worteloppervlakte al volop bezet is met gunstige organismen, heeft een ziekteverwekker geen plek. Soms groeien gunstige schimmels in de wortel zelf, waardoor ze de wortel beschermen tegen ongewenste indringers.

De biologische weerstand van de bodem wordt versterkt door specifieke groepen organismen. Bijvoorbeeld een aaltjesvangende schimmel, die van ziekteverwekkende aaltjes leeft. Of ‘top predator’ aaltjes, die andere aaltjes als voedselbron hebben. Een gunstig organisme (een ‘antagonist’) kan ook stoffen zoals antibiotica uitscheiden, en daarmee de ziekteverwekker om zeep helpen. Ook zijn er grote groepen organismen in de bodem, die enzymen uitscheiden in hun omgeving. Zo worden moeilijk opneembare organische verbindingen afgebroken en geschikt gemaakt voor vertering. Deze enzymen kunnen ook ziekteverwekkende schimmels of aaltjes aantasten.

Ook de chemische eigenschappen van de bodem kunnen een rol spelen in het ziektewerend vermogen van de bodem . Een pathogeen (een ziekteverwekkend organisme) kan gestimuleerd of afgezwakt worden door de pH-waarde van de bodem. Ook sporenelementen hebben invloed omdat gunstige organismen soms beter sporenelementen kunnen opnemen dan pathogenen. Ten slotte kunnen ook fysische componenten de bodemweerbaarheid beïnvloeden. Een voorbeeld is een slechte bodemstructuur, die waterstagnatie kan veroorzaken. Daardoor kunnen bepaalde pathogenen juist verspreid worden.