De bodem speelt ook een belangrijke rol in de regulatie van het klimaat. Door de toename van de concentratie broeikasgassen zoals koolstofdioxide (CO2) in de atmosfeer verandert het klimaat. Deze broeikasgassen werken als een deken: ze zorgen ervoor dat de aarde minder warmte kwijt kan. Dit zorgt er bijvoorbeeld voor dat de zeespiegel stijgt en overstromingen en hevige regenbuien, maar ook perioden van droogte, toenemen.

De bodem levert optimaal nutriënten als er voldoende N, P en K, maar ook micronutriënten beschikbaar komen om in de gewasbehoefte te voorzien. Nutriënten kunnen gebonden zijn aan het klei-humuscomplex. Daar vindt uitwisseling van nutriënten plaats. De maat die de uitwisseling van nutriënten weergeeft is de CEC. Bij een hoge CEC kunnen meer nutriënten gebonden worden en is het risico op het uitspoelen van nutriënten naar diepere bodemlagen of het grondwater lager dan bij een lage CEC.

Daarnaast liggen nutriënten opgeslagen in organisch materiaal. Als organisch materiaal dat voldoende nutriënten bevat wordt afgebroken, komen nutriënten vrij. Door het verhogen van de pH door bijvoorbeeld te bekalken wordt he bodemleven gestimuleerd, breekt er meer organische stof af en kunnen nutriënten beschikbaar komen voor de plant. Ook de vochttoestand is bepalend voor het vrijkomen en transporteren van nutriënten naar de plant.