Organische stof in de bodem bestaat grotendeels uit afgestorven materiaal en voor gemiddeld 15 procent levende organismen. Organische stof vervult verschillende functies in de bodem: het is bijvoorbeeld van belang voor een goede structuur en draagt bij aan het watervasthoudend vermogen, de infiltratiecapaciteit, en de nutriëntenlevering. Een onderzoek onder agrariërs liet zien dat organische stof werd gezien als de belangrijkste indicator van bodemkwaliteit, en tegelijkertijd als de indicator waar men zich het meest zorgen om maakte.

Organische stof is een verzamelnaam voor verschillende soorten materiaal dat voor een groot gedeelte uit koolstof bestaat. Afhankelijk van de samenstelling is organische stof makkelijk afbreekbaar of juist niet. Makkelijk afbreekbare organische stof levert snel voedingsstoffen voor planten en het bodemleven, en draagt bij aan de bodemstructuur door het bodemleven te stimuleren. In een verdichte grond kan  zuurstofgebrek ontstaan als er veel makkelijk afbreekbaar organische stof aanwezig is, omdat de micro-organismen het aanwezige zuurstof gebruiken voor de afbraak van de organische stof. Dat risico is er niet bij matig stabiele organische stof. Die zorgt voor langzaam vrijkomende voeding voor planten en het bodemleven, en voor een gevarieerd bodemleven. Zeer stabiele organische stof zorgt voor een beter watervasthoudend vermogen en houdt voedingsstoffen vast zoals kalium en sporenelementen. Daarnaast draagt zeer stabiele organische stof bij aan een goede bodemstructuur.

De verhouding tussen koolstof en stikstof (de C/N-verhouding) is een belangrijke indicator voor het gemak waarmee organische stof kan worden afgebroken. Organisch materiaal met een relatief lage C/N-verhouding, zoals kippenmest, drijfmest en verse gewasresten, verteert makkelijk. Organisch materiaal met een relatief hoge C/N-verhouding, zoals stro, zal daarentegen langer in de bodem aanwezig blijven. Verse materialen met een hoge C/N-verhouding (>30) kunnen voor tijdelijke vastlegging van stikstof zorgen, doordat micro-organismen stikstof uit de bodem gebruiken voor de afbraak van het materiaal.

Composteren verlaagt de C/N-verhouding doordat er koolstof in CO2 wordt omgezet. Het materiaal wordt door het composteren wel stabieler: de makkelijk verteerbare delen worden als eerste verteerd, de recalcitrantere delen blijven over. Daarom draagt compost ondanks de lage C/N-verhouding toch sterk bij een de opbouw van organische stof, en levert het op korte termijn weinig voedingsstoffen.

Afbraak van organische stof is een continu proces: een vuistregel is dat op bouwland jaarlijks netto 2% van de organische stof wordt afgebroken. Daarom moet er organische stof worden aangevoerd om het organischestofgehalte op peil te houden. Daarvoor zijn verschillende maatregelen te nemen.

Het stuk Leven onder de graszode gaat in op het meten & beoordelen van het bodemleven onder grasland.