Groenbemesters kunnen uitspoeling van nutriënten verminderen doordat ze die in biomassa vastleggen. Daarnaast binden vlinderbloemige groenbemesters extra stikstof. De nutriënten in de groenbemester komen beschikbaar voor het volggewas wanneer de groenbemester verteert in het voorjaar. Doordat groenbemesters vooral uit makkelijk afbreekbaar materiaal bestaan dragen ze weinig bij aan het verhogen van het organischestofgehalte. Wel dragen geslaagde groenbemesters bij aan het in stand houden van de structuur, kunnen ze verslemping en erosie verminderen, en zijn dode wortels voeding voor het bodemleven.

Bij de keuze voor een bepaalde groenbemester spelen verschillende overwegingen een rol:

  • Het zaaitijdstip. Een late oogst beperkt de keuze van groenbemester. Het voordeel van het zaaien van de groenbemester na het hoofdgewas (stoppelzaai) is dat de bodem bewerkt en bemest kan worden na de oogst van het hoofdgewas. Nadelen zijn dat de grondbedekking en de ontwikkeling van de groenbemester kunnen tegenvallen, zeker bij een laatruimend gewas. In het najaar is een tijdige zaai van groenbemesters is cruciaal: als een vuistregel neemt het gewas 2 kg N minder op per dag later gezaaid.
    Hoewel het zaaien van groenbemesters na het hoofdgewas (stoppelzaai) het meest gebruikelijk is, is onderzaai in sommige gevallen ook een goede optie. Onderzaai van een groenbemester geeft een betere opkomst (grond bevat meer vocht), geeft na de oogst van het hoofdgewas een snelle grondbedekking, en bespaart in de herfst een werkgang. Voor onderzaai komen de volgende groenbemesters in aanmerking: Engels of Italiaans raaigras, rietzwenkgras, rode klaver, witte klaver, hopperupsklaver en Perzische klaver.
  • Het effect op aaltjes. Sommige groenbemesters kunnen bepaalde aaltjes verminderen of vermeerderen. Hier kan per gewas het effect op aaltjes bekeken worden.
  • De bovengrondse en ondergrondse biomassa. Sommige groenbemesters ontwikkelen een uitgebreid wortelstelsel (zoals Japanse haver) terwijl anderen voornamelijk bovengrondse biomassa produceren.
  • De manier van vernietigen. Sommige groenbemesters zoals Italiaans raaigras kunnen in het voorjaar hardnekkig zijn en als onkruid tussen het gewas blijven groeien. Een gewas dat doodvriest in de winter, zoals gele mosterd, kan geschikt zijn als er geen chemische bestrijdingsmiddelen gebruikt worden en/of er niet geploegd wordt.